خراسان در سده پنجم و ششم از ترکیب مذهبی خاصی برخوردار بود.منازعات مذهبی و درگیری بین مذاهب مختلف، ویژگی اصلی این دوره است. تعصب غزنویان نسبت به اهل سنت، باعث سختگیری شدید نسبت به شیعیان گردید. سیاست های مذهبی حکومت سلجوقیان در تشدید اختلافات فرقه ای تاثیر زیادی داشت. تعصبهای فرقه ای عمیدالملک کندری و خواجه نظام الملک طوسی باعث شد تا بین حنفیان و شافعیان رقابت های شدیدی به وجود آید. حمله غزها به خراسان موجب ویرانی و کشتار شدیدی گردید؛ به دنبال این حمله درگیریهای شدید فرقه ای و مذهبی شکل گرفت.مذهب غالب، شافعی بوده، پس از آن مذهب حنفی که مورد اعتقاد پادشاهان سلجوقی است، قرار داشته است. حنبلیان در چند شهر به ویژه در هرات پیروانی داشتند. تا آنجا که از منابع بر می آید،دانشنمد برجسته مالکی مذهبی در خراسان حضور نداشته است. شیعیان امامی از جایگاه خاصی برخوردار بوده، و برخی از دانشمندان برجسته شیعه در این عصر می زیستند. اسماعیلیان در شهرهای مختلف نفوذ زیادی داشته و همواره با دولت سلجوقیان، منازعات سیاسی شدیدی داشتند. همچنین تعداد اندکی از زیدیان در خراسان می زیستند. پیروان ادیان مسیحیت و یهود نیز در خراسان، به صورت محدود می زیستند و دارای مراکز عبادی خاصی بودند.
)